Az Anime történetében jelentős szerepet játszanak a küldetések. Ezeket a küldetéseket többnyire külső megrendelésre adja ki az adott Hokage. Ezek a misszók/küldetések lehetnek pusztán segítségkérések a házimunkában, de akár VIP személyek megvédéséről is szólhatnak. A küldetések megkülönböztetésére, bevezettek egy egységes rendszert, melyben osztályozzák az adott misszió nehézségi fokát. A skála tagjai a következők: S fokozatú Ezek nem feltétlenül a legveszélyesebb küldetések, de ezek elvégzéséhez csakis magasan képzett emberek jöhetnek számításba, azaz csakis ANBU-k, valamint Kage-k vehetnek részt az ilyen missziókon. A fokozatú Talán a legveszélyesebb küldetés fajták, csakis Jouni-ok vagy náluk magasabb rangú Ninja-k vehetnek részt rajta. Ha kivételes küldetésről van szó, akár egy Kage is részt vesz rajta. Az A fokozatú küldetéseknek természetes velejárói a súlyos sérülések, sok esetben halálos esetek is előfordulnak.  B fokozatú Hasonlóan az A fokozatú küldetésekhez, az alábbi missziók is rendkívűl veszélyesek, bár nem oly mértékben szedik áldozataikat mint az A tipusúak. A legtöbb ilyen misszió valamilyen fontos dokumentum visszaszerzéséről avagy megszerzéséről szól, nem ritka azonban személyek megvédése sem. Ezeken többnyire Jounin-ok és Chuunin-ok vesznek részt.  C fokozatú Ezek a küldetések többnyire a Chuunin Ninja-k feladatai, de néha képzett tehetséges Genin-ek is részt vehetnek rajta. Többnyire fontos dokumentumok szállításáról van szó. D fokozatú Ezek a hagyományos, legalacsonyabbnak titulált missziók, melyek elvégézésére szinte mindig Genin-eket küldenek ki. Az ilyen tipusú küldetések többynire házimunkában való segítségnyújtásról, vagy állatok sétáltatásáról szólnak. Ámbár azoknak a Genin-eknek akik Chuunin-okká akarnak válni legalább 8 ilyen küldetést kell elvégezniük.